潔凈空調系統一般分為三大類：

1、集中式潔凈空調系統 ：在系統內單個或多個潔凈室所需的凈化空調設備都集中在機房內，用送風管道將潔凈空氣配給各個潔凈室。

2、分散式潔凈空調系統：在系統內各個潔凈室單獨設置凈化設備或凈化空調設備。

3、半集中式潔凈空調系統：在這種系統中，既有集中的凈化空調機房，又有分散在各潔凈室內的空氣處理設備。是一種集中處理和局部處理相結合的形式。

人們一般按系統內各潔凈室的潔凈度來命名系統，如稱之為100級凈化空調系統，1000級凈化空調系統等。有時也按系統的末級過濾器的性質來區分，分高效空氣凈化系統，亞高效空氣凈化系統和中效空氣凈化系統。