生物安全實驗室由主功能實驗室與其他實驗室及輔助功能用房組成。生物安全實驗室必須保證人身安全、環境安全、廢棄物安全和樣本安全，能長期而安全地運行，同時還為需要實驗室工作人員提供一個舒適、而良好的工作環境。
實驗室結構和設施、安全操作規程、安全設備適用于對人體具有高度的危險性，通過氣溶膠途徑傳播或傳播途徑不明，目前尚無有效的疫苗或治療方法的致病微生物及其毒素。與上述情況類似的不明微生物，也必須在四級生物安全防護實驗室中進行。待有充分數據后再決定此種微生物或毒素應在四級還是在較低級別的實驗室中處理。
實驗脊椎動物生物安全防護實驗室，其適用微生物范圍與同級的一般生物安全防護實驗室相同。
選址
三級生物安全防護實驗室可與其他用途房屋設在一棟建筑物中，但必須自成一區。該區通過隔離門與公共走廊或公共部位相隔。
平面布局
a)三級生物安全防護實驗室的核心區包括實驗間及與之相連的緩沖間。
b)緩沖間形成進入實驗間的通道。必須設兩道連鎖門，當其中一道門打開時，另一道門自動處于關閉狀態。如使用電動連鎖裝置，斷電時兩道門均必須處于可打開狀態。在緩沖間可進行二次更衣。
c)當實驗室的通風系統不設自動控制裝置時，緩沖間面積不宜過大，不宜超過實驗間面積的八分之一。
d)Ⅱ級或Ⅲ級生物安全柜的安裝位置應遠離實驗間入口，避開工作人員頻繁走動的區域，且有利于形成氣流由“清潔”區域流向“污染”區域的氣流流型。
圍護結構
a)實驗室(含緩沖間)圍護結構內表面必須光滑耐腐蝕、防水，以易于消毒清潔。所有縫隙必須加以可靠密封。
b)實驗室內所有的門均可自動關閉。
c)除觀察窗外，不得設置任何窗戶。觀察窗必須為密封結構，所用玻璃為不碎玻璃。
d)地面應無滲漏，光潔但不滑。不得使用地磚和水磨石等有縫隙地面。
e)天花板、地板、墻間的交角均為圓弧形且可靠密封，施工時應防止昆蟲和老鼠鉆進墻腳。
通風空調
a)必須安裝獨立的通風空調系統以控制實驗室氣流方向和壓強梯度。該系統必須確保實驗室使用時，室內空氣除通過排風管道經高效過濾排出外，不得從實驗室的其他部位或縫隙排向室外；同時確保實驗室內的氣流由“清潔”區域流向“污染”區域。進風口和排風口的布局應使實驗區內的死空間降低到最小程度。
b)通風空調系統為直排系統，不得采用部分回風系統。
c)環境參數：相對于實驗室外部，實驗室內部保持負壓。實驗間的相對壓強以－30Pa～－40Pa為宜，緩沖間的相對壓強以－15Pa～－20Pa為宜。實驗室內的溫、濕度以控制在人體舒適范圍為宜，或根據工藝要求而定。實驗室內的空氣潔凈度以GB 50073—2001《潔凈廠房設計規范》中所定義的七級至八級為宜。實驗室人工照明應均勻，不眩目，照度不低于500lx。
d)為確保實驗室內的氣流由“清潔”區域流向“污染”區域，實驗室內不應使用雙側均勻分布的排風口布局。不應采用上送上排的通風設計。由生物安全柜排出的經內部高效過濾的空氣可通過系統的排風管直接排至大氣，也可送入建筑物的排風系統。應確保生物安全柜與排風系統的壓力平衡。
e)實驗室的進風應經初、中、高效三級過濾。
f)實驗室的排風必須經高效過濾或加其他方法處理后，以不低于12m/s的速度直接向空中排放。該排風口應遠離系統進風口位置。處理后的排風也可排入建筑物的排風管道，但不得被送回到該建筑物的任何部位。
g)進風和排風高效過濾器必須安裝在實驗室設在圍護結構上的風口里，以避免污染風管。
h)實驗室的通風系統中，在進風和排風總管處應安裝氣密型調節閥門，必要時可完全關閉以進行室內化學熏蒸消毒。
i）實驗室的通風系統中所使用的所有部件均必須為氣密型。所使用的高效過濾器不得為木框架。
j）應安裝風機啟動自動聯鎖裝置，確保實驗室啟動時先開排風機后開送風機。關閉時先關送風機后關排風機。
k)不得在實驗室內安裝分體空調器。
安全裝置及特殊設備
a)必須在主實驗室內設置Ⅱ級或Ⅲ級生物安全柜。其安裝位置應滿足6.3.2.5 d)中的要求。
b)連續流離心機或其他可能產生氣溶膠的設備應置于物理抑制設備之中，該裝置應能將其可能產生的氣溶膠經高效過濾器過濾后排出。在實驗室內所必須設置的所有其他排風裝置(通風櫥、排氣罩等)的排風均必須經過高效過濾器過濾后方可排出。其室內布置應有利于形成氣流由“清潔”區域流向“污染”區域的氣流流型。
c)實驗室中必須設置不產生蒸汽的高壓滅菌鍋或其他消毒裝置。
d)實驗間與外部應設置傳遞窗。傳遞窗雙門不得同時打開，傳遞窗內應設物理消毒裝置。感染性材料必須放置在密閉容器中方可通過傳遞窗傳遞。
e）必須在實驗室入口處的顯著位置設置壓力顯示報警裝置，顯示實驗間和緩沖間的負壓狀況。當負壓指示偏離預設區間必須能通過聲、光等手段向實驗室內外的人員發出警報.可在該裝置上增加送、排風高效過濾器氣流阻力的顯示。
f）實驗室啟動工作期間不能停電。應采用雙路供電電源。如難以實現，則應安裝停電時可自動切換的后備電源或不間斷電源，對關鍵設備(生物安全柜、通風櫥、排氣罩以及照明等)供電。
g)可在緩沖間設洗手池：洗手池的供水截門必須為腳踏、肘動或自動開關。洗手池如設在主實驗室，下水道必須與建筑物的下水管線分離，且有明顯標志。下水必須經過消毒處理。洗手池僅供洗手用，不得向內傾倒任何感染性材料。供水管必須安裝防回流裝置。不得在實驗室內安設地漏。
其他
b)實驗室中的家具應牢固。為易于清潔，各種家具和設備之間應保持一定間隙。應有專門放置生物廢棄物容器的臺(架)。家具和設備的邊角和突出部位應光滑、無毛刺，以圓弧形為宜。
c)所需真空泵應放在實驗室內。真空管線必須裝置在線高效過濾器。
d)壓縮空氣等鋼瓶應放在實驗室外。穿過圍護結構的管道與圍護結構之間必須用不收縮的密封材料加以密封。氣體管線必須裝置在線高效過濾器和防回流裝置。
e)實驗室中應設置洗眼裝置。
f)實驗室出口應有發光指示標志。
g)實驗室內外必須設置通訊系統。
h)實驗室內的實驗記錄等資料應通過傳真機發送至實驗室外。
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